Juan Valera abandona el Atlético de Madrid con la carta de libertad y firma un contrato de cuatro temporadas de duración con el Getafe. Valera llegó al Atlético en verano de 2005 procedente del Real Murcia como un prometedor interior derecha, pero nunca terminó de hacerse con el puesto a lo que contribuyó una grave lesión de rodilla que le tuvo más de seis meses apartado del césped. Con el paso de las temporadas fue retrasando su posición para terminar siendo el '2' del equipo, aunque no tuvo consideración de titular por parte de ninguno de los entrenadores que le dirigieron. En estos años como colchonero (la temporada 2008-09 estuvo cedido en el Racing), Valera ha disputado un total de 71 partidos de Liga con 3 goles y 20 de Copa con otro tanto anotado. Valera formó parte de las plantillas campeonas de la Europa League 2010 y de la Supercopa de Europa 2010.