El Atlético de Madrid B está encuadrado en el Grupo II de la 2ª División B y afrontará el siguiente calendario con el objetivo de pelear por el ascenso.
1ª Jornada (31/08/2008)
Ciudad de Lorquí - Atlético de Madrid B
2ª Jornada (07/09/2008)
Atlético de Madrid B - Cartagena
3ª Jornada (14/09/2008)
UD Lanzarote - Atlético de Madrid B
4ª Jornada (21/09/2008)
Atlético de Madrid B - CDA Navalcanero
5ª Jornada (24/09/2008)
UD Pájara Playas de Jandía - Atlético de Madrid B
6ª Jornada (28/09/2008)
Atlético de Madrid B - UD Vecindario
7ª Jornada (05/10/2008)
Sangonera Atlético - Atlético de Madrid B
8ª Jornada (12/10/2008)
Atlético de Madrid B - CD Logroñés
9ª Jornada (19/10/2008)
Murcia B - Atlético de Madrid B
10ª Jornada (26/10/2008)
Atlético de Madrid B - Lorca Deportiva
11ª Jornada (02/11/2008)
Águilas CF - Atlético de Madrid B
12ª Jornada (09/11/2008)
Atlético de Madrid B - Alcorcón
13ª Jornada (16/11/2008)
Real Madrid-Castilla - Atlético de Madrid B
14ª Jornada (23/11/2008)
Atlético de Madrid B - UD Fuerteventura
15ª Jornada (30/11/2008)
UD Mérida - Atlético de Madrid B
16ª Jornada (07/12/2008)
Atlético de Madrid B - Villa de Santa Brígida
17ª Jornada (14/12/2008)
CD Leganés - Atlético de Madrid B
18ª Jornada (21/12/2008)
Universidad Las Palmas - Atlético de Madrid B
19ª Jornada (04/01/2009)
Atlético de Madrid B - Las Palmas Atlético
20ª Jornada (11/01/2009)
Atlético de Madrid B - Ciudad de Lorquí
21ª Jornada (18/01/2009)
Cartagena - Atlético de Madrid B
22ª Jornada (25/01/2009)
Atlético de Madrid B - UD Lanzarote
23ª Jornada (01/02/2009)
CDA Navalcanero - Atlético de Madrid B
24ª Jornada (08/02/2009)
Atlético de Madrid B - UD Pájara Playas de Jandía
25ª Jornada (15/02/2009)
UD Vecindario - Atlético de Madrid B
26ª Jornada (22/02/2009)
Atlético de Madrid B - Sangonera Atlético.
27ª Jornada (01/03/2009)
CD Logroñés - Atlético de Madrid B
28ª Jornada (08/03/2009)
Atlético de Madrid B - Murcia B
29ª Jornada (15/03/2009)
Lorca Deportiva - Atlético de Madrid B
30ª Jornada (22/03/2009)
Atlético de Madrid B - Águilas CF
31ª Jornada (25/03/2009)
Alcorcón - Atlético de Madrid B
32ª Jornada (29/03/2009)
Atlético de Madrid B - Real Madrid-Castilla
33ª Jornada (05/04/2009)
UD Fuerteventura - Atlético de Madrid B
34ª Jornada (12/04/2009)
Atlético de Madrid B - UD Mérida
35ª Jornada (19/04/2009)
Villa de Santa Brígida - Atlético de Madrid B
36ª Jornada (26/04/2009)
Atlético de Madrid B - CD Leganés
37ª Jornada (03/05/2009)
Atlético de Madrid B - Universidad Las Palmas
38ª Jornada (10/05/2009)
Las Palmas Atlético - Atlético de Madrid B