El Atlético de Madrid C está encuadrado en el Grupo VII de la 3ª División y afrontará el siguiente calendario.
1ª Jornada (31-08-2008)
Atlético de Madrid C - Descansa
2ª Jornada (07-09-2008)
Atlético de Madrid C - Galáctico Pegaso Tres Cantos
3ª Jornada (14-09-2008)
Real Madrid C - Atlético de Madrid C
4ª Jornada (21-09-2008)
Atlético de Madrid C - Rayo Vallecano B
5ª Jornada (28-09-2008)
CD Las Rozas - Atlético de Madrid C
6ª Jornada (05-10-2008)
Atlético de Madrid C - Deportivo Santa Ana
7ª Jornada (12-10-2008)
Getafe B - Atlético de Madrid C
8ª Jornada (15-10-2008)
Atlético de Madrid C - Unión Collado Villalba
9ª Jornada (19-10-2008)
Rayo Majadahonda - Atlético de Madrid C
10ª Jornada (26-10-2008)
Atlético de Madrid C - CD Móstoles
11ª Jornada (02-11-2008)
Fútbol Alcobendas Sport - Atlético de Madrid C
12ª Jornada (09-11-2008)
Atlético de Madrid C - Pozuelo de Alarcón
13ª Jornada (16-11-2008)
Puerta Bonita - Atlético de Madrid C
14ª Jornada (23-11-2008)
Atlético de Madrid C - Vallecas CF
15ª Jornada (30-11-2008)
CD Ciempozuelos - Atlético de Madrid C
16ª Jornada (07-12-2008)
Atlético de Madrid C - CDC Ofigevi
17ª Jornada (14-12-2008)
CF Fuenlabrada - Atlético de Madrid C
18ª Jornada (21-12-2008)
Atlético de Madrid C - UD San Sebastián de los Reyes
19ª Jornada (04-01-2009)
Atlético de Pinto - Atlético de Madrid C
20ª Jornada (06-01-2009)
Atlético de Madrid C - AD Parla
21ª Jornada (11-01-2009)
RSD Alcalá - Atlético de Madrid C
22ª Jornada (18-01-2009)
Atlético de Madrid C - Descansa
23ª Jornada (25-01-2009)
Galáctico Pegaso Tres Cantos - Atlético de Madrid C
24ª Jornada (01-02-2009)
Atlético de Madrid C - Real Madrid C
25ª Jornada (08-02-2009)
Rayo Vallecano B - Atlético de Madrid C
26ª Jornada (11-02-2009)
Atlético de Madrid C - CD Las Rozas
27ª Jornada (15-02-2009)
Deportivo Santa Ana - Atlético de Madrid C
28ª Jornada (22-02-2009)
Atlético de Madrid C - Getafe B
29ª Jornada (01-03-2009)
Unión Collado Villalba - Atlético de Madrid C
30ª Jornada (08-03-2009)
Atlético de Madrid C - Rayo Majadahonda
31ª Jornada (15-03-2009)
CD Móstoles - Atlético de Madrid C
32ª Jornada (19-03-2009)
Atlético de Madrid C - Fútbol Alcobendas Sport
33ª Jornada (22-03-2009)
Pozuelo de Alarcón - Atlético de Madrid C
34ª Jornada (29-03-2009)
Atlético de Madrid C - Puerta Bonita
35ª Jornada (05-04-2009)
Vallecas CF - Atlético de Madrid C
36ª Jornada (09-04-2009)
Atlético de Madrid C - CD Ciempozuelos
37ª Jornada (12-04-2009)
CDC Ofigevi - Atlético de Madrid C
38ª Jornada (19-04-2009)
Atlético de Madrid C - CF Fuenlabrada
39ª Jornada (26-04-2009)
UD San Sebastián de los Reyes - Atlético de Madrid C
40ª Jornada (03-05-2009)
Atlético de Madrid C - Atlético de Pinto
41ª Jornada (10-05-2009)
AD. Parla - Atlético de Madrid C
42ª Jornada (17-05-2009)
Atlético de Madrid C - RSD Alcalá