Son pocos datos para hacer un diagnóstico. En principio pudieran ser tres cosas distintas las motivantes o combinación de ellas. Problema de Hw, bien de disco o de placa. El que funcione bien al tiempo en principio no tiene que ser porque se caliente, sino por los procesos de arranque. Puedes tener fastidiados, con errores y sectores defectuosos la zona de arranque del disco o del sistema, por eso tarda un siglo en arrancar, pero una vez ha arrancado te chuta. Si es esto o el disco se está muriendo, físicamente, o lo tienes hecho un desastre, lógicamente, fragmentado, con sectores defectuosos. Hazle un desfragmentado y luego un scandisk, o desde el DOS, abortando el arranque de Windows, un chkdsk /f.
Otra opción, tienes el registro de Windows y el arranque hecho un asco, con muchas líneas sobrantes, fragmentado y tarda la hueva en arrancar. Si pilotas lo puedes editar tu mismo, sino, deja que un programa como tuneup utilities haga el trabajo por ti. También puedes tener uno o varios drivers de algún dispositivo conectado que no vaya o esté en conflicto y hasta que no resuelve o abandona te ralentiza todo. También puede ser algún programa que hayas instalado, o te hayan colado, que de problemas. Te pueden estar chupando el disco o la memoria desde fuera, virtualizando a lo p2p en modo robo. Y puede ser algo físico, pero me extraña más porque iría siempre mal. Pueden ser muchas cosas, como ves. Es ir probando y descartando o arreglando.
Quesada siempre presente!!!